Biowasserstoff fällt unter die Regelungen für fortschrittliche Biokraftstoffe und kann daher im für den THG-Quotenhandel anerkannten System von REDcert oder ISCC zertifiziert werden.

Darüber hinaus existieren zwei weitere freiwillige Zertifikate mit hoher Reichweite:

• CertifHy (EU-weit verbreitet)
• CMS 70 (TÜV Süd, Deutschland)

Hier gilt Wasserstoff als „grün“, sobald eine THG-Minderung von mindestens 70 % erreicht wird. Anerkannte Technologien sind Elektrolyse, Dampfreformierung sowie Biomassevergasung bzw. Pyrolyse.